菌肥是含有大量有益微生物并以這些微生物的生物化學作用來改善作物營養和生長條件為主要功效的肥料。有益微生物主要有根瘤菌（生物固氮）、解磷菌（活化土壤中難溶性磷）、解鉀菌又名硅酸鹽細菌（分解、釋放土壤中的礦物鉀）、抗生菌，如“5406”（能抑制或殺滅有害真菌和細菌、刺激作物生長和活化土壤難溶磷）和酵素菌（促進有機物轉化）等。菌肥的實際肥效往往還與其中維持微生物生命活動的基質有關。
生物肥料作為農資產品，必須在活菌數、雜菌率、有效期等方面達到一定的質量要求（NY227—94）。除了農用微生物菌劑外，還有以此為基礎的復合微生物肥料和生物有機肥。復合微生物肥料是指特定農用微生物與營養物質復合而成，能提供、保持或改善植物營養，提高農產品產量或質量的活體微生物制品。按NG/T798—2004的技術標準，液體、粉劑、顆粒等不同劑型產品的總養分（N+P2O5+K2O）含量分別不得低于4%、6%和6%，但化肥含量也不是越高越好，過高將抑制微生物活性。生物有機肥是指特定農用微生物與動植物廢棄物經無害化、腐殖化處理得到的有機物料復合而成的肥料，它兼有微生物肥料和有機肥料的特點，按NY884—2004的技術標準，肥料的有機質含量不得低于25%。
微生物肥料可以作基肥、追肥，可溝施或穴施，也可用來拌種、浸種、蘸根或葉面噴施，具體因菌肥類型而異。
農用菌劑畝用2公斤固態菌劑與40～60公斤腐熟有機肥混合均勻后作基肥、追肥或育苗；將固態菌劑與營養土摻勻制作營養缽，或與稀泥漿混拌，在苗木移栽前蘸根；播前將種子浸入10～20倍菌劑稀釋液或用稀釋液噴施，使種子與液態生物菌劑充分接觸后再播種；幼苗移栽前將根系浸入稀釋10～20倍的液態菌劑中，立即取出，或用上述稀釋液噴施幼苗根系；將菌劑稀釋100倍后用于灌根或沖施；將菌劑稀釋500倍作葉面肥。
復合微生物肥可作基肥和追肥，畝施用量10～20公斤；稀釋500倍作葉面肥，按產品說明書要求噴施。
生物有機肥可作基肥和追肥，作基肥時畝施用量約100公斤，最好配施適量農家肥；作追肥用量適當減少，較化肥提前7～10天施入，且應配施適量化肥。
此外，當土壤氮磷鉀養分含量較高或大量施用氮磷鉀化肥時，根瘤菌、解磷菌、解鉀菌肥的效果下降，甚至受到抑制，例如氮肥施用過量就會抑制根瘤菌的活動，降低根瘤的固氮作用。此外注意，菌肥中的有益微生物是有生命的，因此在貯存時不能與農藥、化肥和過酸、過堿物質混放，不要與大量化肥或酸堿性化肥混施，土壤過酸、過堿或干旱都影響菌肥效應發揮
